PQQ 的抗氧化作用主要体现在清除自由基、调节抗氧化酶系统以及螯合金属离子等方面，以下是具体介绍：
清除自由基
直接清除：PQQ 具有独特的醌式结构，这种结构使其能够直接与体内的自由基发生反应。比如，PQQ 能够迅速与超氧阴离子自由基（O₂⁻）结合，接受其多余的电子，将其转化为过氧化氢（H₂O₂），然后过氧化氢在过氧化氢酶的作用下进一步分解为水和氧气，从而阻止超氧阴离子自由基对细胞造成损害。同时，PQQ 还能与羟自由基（·OH）发生反应，通过提供氢原子等方式将羟自由基转化为水，降低羟自由基的浓度，减轻其对细胞内脂质、蛋白质和 DNA 的氧化损伤。
间接清除：PQQ 可以通过调节细胞内的代谢过程，减少自由基的产生。例如，PQQ 参与细胞的能量代谢，优化线粒体的功能，使细胞的能量产生过程更加高效和稳定，减少因能量代谢异常而产生的自由基。
调节抗氧化酶系统
激活抗氧化酶：
PQQ 能够激活细胞内的多种抗氧化酶，如超氧化物歧化酶（SOD）、谷胱甘肽过氧化物酶（GSH-Px）和过氧化氢酶（CAT）等。PQQ 可以作用于这些抗氧化酶的基因表达水平，促进其合成和分泌，提高它们在细胞内的活性。以 SOD 为例，PQQ 可增强 SOD 基因的转录和翻译过程，使细胞内 SOD 的含量增加，进而提高细胞清除超氧阴离子自由基的能力。
协同抗氧化：PQQ 与抗氧化酶之间还存在协同作用。PQQ 可以为抗氧化酶提供必要的辅助因子或调节其活性中心的微环境，使抗氧化酶能够更高效地发挥作用。同时，抗氧化酶在清除自由基的过程中，也可以保护 PQQ 不被过度氧化，维持 PQQ 的抗氧化活性，形成一个相互协作的抗氧化防御体系，共同抵御自由基对细胞的攻击。
螯合金属离子
抑制自由基生成：一些金属离子，如铁离子（Fe³⁺）、铜离子（Cu²⁺）等，在细胞内可通过芬顿反应或哈伯-韦斯反应催化生成羟自由基等活性氧物质，从而引发氧化应激反应。PQQ 具有一定的金属离子螯合能力，能够与这些金属离子结合，形成稳定的复合物。PQQ 与铁离子结合后，可阻止铁离子参与芬顿反应，减少羟自由基的生成，降低氧化损伤的风险。
稳定细胞内环境：通过螯合金属离子，PQQ 还能调节细胞内金属离子的浓度和分布，维持细胞内环境的稳定，防止金属离子过度积累导致的氧化应激和细胞损伤，从而间接发挥抗氧化作用。