PQQ 在改善神经递质代谢方面具有重要作用，主要体现在以下几个方面：
调节神经递质合成
促进关键酶活性：神经递质的合成需要多种酶的参与，PQQ 可通过促进这些关键酶的活性来调节神经递质的合成。如 PQQ 能增强色氨酸羟化酶的活性，该酶是血清素合成的限速酶，其活性增强可促进血清素的合成，使大脑中血清素水平升高，有助于改善情绪、睡眠等。
参与辅酶功能：PQQ 作为一种辅酶或辅助因子，参与神经递质合成过程中的氧化还原反应。在多巴胺合成中，PQQ 参与酪氨酸羟化酶催化的反应，帮助将酪氨酸转化为左旋多巴，进而合成多巴胺，多巴胺对于运动控制、奖赏机制等生理功能至关重要。
调节神经递质转运与释放
调节转运体功能：神经递质需要通过转运体在突触间隙和神经元之间进行转运，
PQQ 可调节这些转运体的功能。例如，PQQ 能影响血清素转运体的活性，使血清素在突触间隙中的浓度保持在适当水平，确保血清素能正常发挥作用。
影响突触囊泡释放：PQQ 可作用于突触前膜，影响突触囊泡的释放过程。它能调节与突触囊泡融合和释放相关的蛋白质和离子通道，促进神经递质的正常释放。在乙酰胆碱能神经元中，PQQ 可增强钙离子内流，促使突触囊泡与突触前膜融合，释放乙酰胆碱，乙酰胆碱对学习、记忆和肌肉收缩等功能有重要作用。
保护神经递质代谢相关细胞
保护神经元：神经元是神经递质代谢的主要场所，PQQ 可通过抗氧化等作用保护神经元。它能清除神经元内的自由基，减少氧化应激损伤，维持神经元的正常结构和功能，确保神经递质的合成、转运和释放等过程正常进行。
支持神经胶质细胞：神经胶质细胞对神经递质代谢也有重要作用，PQQ 能支持神经胶质细胞的功能。如 PQQ 可促进星形胶质细胞摄取和代谢谷氨酸，防止谷氨酸在突触间隙中过度积累而产生神经毒性，同时星形胶质细胞还能为神经元提供营养和支持，有助于维持神经递质代谢的稳定。
调节神经递质受体敏感性
增强受体活性：PQQ 可以增强神经递质受体的敏感性，使神经递质与受体的结合更加高效。以 γ- 氨基丁酸（GABA）受体为例，PQQ 可提高 GABA 受体对 GABA 的亲和力，使 GABA 能更好地发挥抑制性神经递质的作用，有助于缓解焦虑、调节神经系统的兴奋性。
平衡受体功能：神经系统中存在多种神经递质及其受体，它们之间需要保持平衡以维持正常的生理功能。PQQ 可调节不同神经递质受体的功能，使其达到平衡状态。如在多巴胺能系统和谷氨酸能系统中，PQQ 可调节多巴胺受体和谷氨酸受体的活性，避免某一系统过度激活或抑制，从而维持神经系统的正常功能，预防神经精神疾病的发生。