PQQ 清除体内自由基的作用机制主要包括以下几个方面：

直接捕获自由基：PQQ 分子结构中的特殊官能团使其具有较高的电子亲和力，能够直接与体内的自由基发生反应，通过提供或接受电子的方式，将自由基转化为较为稳定的物质，从而阻止自由基对细胞和生物分子的氧化损伤。例如，PQQ 可以与超氧阴离子自由基（O₂⁻）、羟自由基（・OH）等常见的活性氧自由基发生反应，将其转化为过氧化氢（H₂O₂）或其他无害的物质。H₂O₂可在细胞内的过氧化氢酶等抗氧化酶的作用下进一步分解为水和氧气，从而实现对自由基的清除。

增强抗氧化酶活性：PQQ 能够通过激活细胞内的相关信号通路，促进抗氧化酶基因的表达和合成，进而增强抗氧化酶的活性。其中超氧化物歧化酶（SOD）可以催化超氧阴离子自由基发生歧化反应，生成 H₂O₂和氧气，而 PQQ 可提高 SOD 的活性，加速超氧阴离子自由基的清除。同时，PQQ 还能增强谷胱甘肽过氧化物酶（GSH - Px）的活性，GSH - Px 可以利用还原型谷胱甘肽（GSH）将 H₂O₂还原为水，从而减少 H₂O₂在细胞内的积累，防止其进一步转化为更具氧化性的羟自由基，起到保护细胞免受氧化损伤的作用。

螯合金属离子：某些金属离子如铁离子（Fe³⁺）、铜离子（Cu²⁺）等在细胞内可以通过 Fenton 反应或 Haber - Weiss 反应催化产生羟自由基，这是细胞内自由基的一个重要来源。PQQ 具有一定的金属离子螯合能力，它可以与这些金属离子结合，形成稳定的复合物，从而降低金属离子的活性，减少其催化产生自由基的能力，间接实现清除自由基的效果。